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Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  37 lines
  1. **************************************************
  2. * Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature *
  3. **************************************************
  4.  
  5. Dioxygenases catalyze the incorporation of both atoms of molecular oxygen into
  6. substrates.  Cleavage of  aromatic rings is one of the most important function
  7. of  dioxygenases.   The  substrates  of  ring-cleavage   dioxygenases  can  be
  8. classified into two groups  according to the mode  of scission of the aromatic
  9. ring. Intradiol enzymes  cleave the aromatic ring between two hydroxyl groups,
  10. whereas  extradiol  enzymes cleave  the aromatic  ring between  a hydroxylated
  11. carbon and another adjacent nonhydroxylated carbon. Extradiol dioxygenases are
  12. usually multimeric and  bind one atom of ferrous ion per subunit.  It has been
  13. shown [1] that the known extradiol dioxygenases are evolutionary related.  The
  14. enzymes that belong to this family are:
  15.  
  16.  - Catechol 2,3-dioxygenase  (EC 1.13.11.2)  (metapyrocatechase)  (genes nahH,
  17.    xylE, dmpB, mcpII, and pheB).
  18.  - 3-methylcatechol 2,3-dioxygenase (EC 1.13.11.-) (gene todE).
  19.  - Biphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase (EC 1.13.11.39) (gene bphC).
  20.  - 1,2-dihydroxynaphthalene dioxygenase (EC 1.13.11.-) (gene nahC).
  21.  
  22. As a signature pattern for  these enzymes  we  selected a region that includes
  23. four conserved residues.  Among  them  are an  histidine  and a tyrosine which
  24. could be implicated in the binding of the ferrous iron atom.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [GNT]-x-H-x(7)-[LIVMF]-Y-x(2)-[DENT]-P-x-[GP]-x(2,3)-E
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Expert(s) to contact by email: Harayama S.
  31.                                 sharayam@ddbj.nig.ac.jp
  32.  
  33. -Last update: October 1993 / Pattern and text revised.
  34.  
  35. [ 1] Harayama S., Rekik M.
  36.      J. Biol. Chem. 264:15328-15333(1989).
  37.